La República Empresarial (2001- hasta la actualidad)

En las elecciones generales del 2000, Fujimori se presentó por tercera vez consecutiva como candidato presidencial, con la ventaja que le reportaba ejercer la presidencia, en desmedro de los demás candidatos. En la primera vuelta realizada el 9 de abril, Fujimori obtuvo el 49,8 % de los votos frente al 40,3 % alcanzado por el economista Alejandro Toledo (con estudios y carrera labrados en los Estados Unidos), por el partido Perú Posible. 

Para la mayoría, estas elecciones estaban manipuladas desde Palacio de Gobierno, y por ello, Toledo decidió no ir a la segunda vuelta (aunque sin presentar nunca su renuncia oficial ante el Jurado Nacional de Elecciones), llamando a la población a votar en blanco. El 28 de mayo, Fujimori se presentó en solitario en la segunda vuelta, y antes de ser proclamado por el JNE, fue reconocido por los comandantes generales de las Fuerzas Armadas y el director general de la Policía, lo cual constituía una irregularidad. De ese modo, tras unas cuestionadas elecciones, Fujimori logró un tercer mandato. La oposición, conformada por los diversos partidos políticos y organizaciones civiles de diversa índole, intentó evitar la juramentación de Fujimori el día 28 de julio del 2000, pero no logró su objetivo. 

Durante la protesta, ocurrió el incendio de una sede del Banco de la Nación en Lima, en el cual murieron seis empleados, hecho que se atribuyó a elementos contratados por el gobierno para culpar a los manifestantes.

Seis semanas después, el 14 de septiembre, el Canal N difundió un video donde se mostraba a Montesinos entregando dinero al congresista de la oposición Alberto Kouri, para que se pasara a las filas del fujimorismo. Se supo también de la existencia de más videos de otros congresistas de oposición y empresarios sobornados para que favorecieran al Gobierno. Este destape precipitó la caída del régimen. 

El asesor Montesinos huyó del país, yendo a Panamá y finalmente a Venezuela, donde posteriormente sería capturado y traído al Perú, hallándose desde entonces en prisión. Por su parte, Fujimori abandonó el país solicitando permiso para asistir a la cumbre de la APEC en Brunéi, pero luego se dirigió al Japón, país del cual era ciudadano y desde el cual renunció por fax, refugiándose allí. El Congreso no aceptó la renuncia y lo destituyó, inhabilitándolo para ejercer todo cargo político, por diez años.

​ El entonces Presidente del Congreso, Valentín Paniagua, fue investido como nuevo Presidente de la República ante la renuncia de los dos vicepresidentes, el 22 de noviembre del 2000, iniciándose así un periodo de transición.

El gobierno de transición (que contó con la colaboración del ilustre embajador Javier Pérez de Cuellar, como primer ministro), se orientó a la organización de nuevas elecciones y a una profunda campaña de moralización del aparato público y las fuerzas militares que habían caído bajo la influencia del sistema. Paniagua firmó contratos de explotación de los yacimientos de gas de Camisea, y convocó a una polémica Comisión de la Verdad para investigar la lucha contra el terrorismo de los últimos años.¹³⁷​

Para las elecciones generales del 2001, los principales candidatos fueron: el economista Alejandro Toledo Manrique, nuevamente por el partido Perú Posible; el expresidente Alan García, que retornó de su exilio y encabezó el Partido Aprista, al que revitalizó; y Lourdes Flores, por Unidad Nacional. En la primera vuelta realizada el 8 de abril de 2001, encabezó Toledo la preferencia de la ciudadanía con 36,51 % de los votos, quedando en un sorprende segundo lugar García, con 25,7 % de los sufragios. En la segunda vuelta triunfó Toledo con el 53,08 % de los votos, mientras que García obtuvo 46,92 %.

El 28 de julio del 2001 juró Toledo como Presidente de la República, para el periodo 2001-2006. La paradoja de su gobierno fue que gozó de baja popularidad, envuelto en acusaciones de corrupción de la más variada índole, mientras la economía peruana logró superar la recesión y tuvo un gran crecimiento especialmente en la capital, la sierra central y la costa norte. En este período se inició la negociación de un Tratado de Libre Comercio con los Estados Unidos el cual en su momento no fue visto con buenos ojos por los campesinos del país porque temían que tuviera un efecto negativo sobre sus economías. 

A los logros macroeconómicos de Toledo, habría que agregar a su favor el respeto al orden constitucional y a todas las libertades, principalmente la de prensa. De otro lado, durante su periodo se produjo la llegada a Chile de Alberto Fujimori, procedente del Japón. Se iniciaron los trámites de extradición del expresidente, sobre quien pesaban gravísimas acusaciones de violación a los derechos humanos.​ Dicha extradición finalmente se concretaría en el 2007.

La protesta social más grave fue el llamado Arequipazo, ocurrido en la ciudad de Arequipa en junio del 2002, que provocó la caída del primer gabinete ministerial de Toledo. También ocurrió una revuelta en Ilave (Puno), donde una turba enfurecida linchó a su alcalde, en abril del 2004; y el llamado Andahuaylazo, que fue una asonada de etnocaceristas dirigida por el mayor del Ejército Peruano Antauro Humala (presuntamente por órdenes de su hermano Ollanta Humala), quien capturó la comisaría de Andahuaylas (Apurímac) y provocó la muerte de cuatro policías, en los primeros días del año 2005.

En las elecciones generales del 2006, los principales candidatos a la presidencia de la República fueron el oficial del Ejército del Perú en situación de retiro Ollanta Humala Tasso, por Unión por el Perú; el expresidente Alan García, por el Partido Aprista; y Lourdes Flores, por Unidad Nacional. El más novel de estos candidatos, Humala, se había hecho conocido por una asonada que encabezó en las postrimerías del gobierno de Fujimori, el llamado levantamiento de Locumba. En la primera vuelta realizada el 9 de abril del 2006, Humala quedó arriba, con el 30,62 % de las preferencias, y García quedó en segundo lugar, con el 24,33 %,​ superando de manera ajustada a Lourdes Flores, considerada como la candidata de la derecha. La campaña por la segunda vuelta entre Humala y García planteó un dilema a miles de peruanos. 

A García, pese a un discurso y perfil más moderado, se le recordaba su desastrosa gestión presidencial de 1985-1990; y a Humala, con su mensaje radical orientado hacia la izquierda, se le identificaba con el autoritarismo al estilo del presidente venezolano Hugo Chávez, quien incluso intervino groseramente a su favor, algo inédito en el marco de las relaciones internacionales. Para diversos analistas, esta intromisión del chavismo favoreció a la candidatura de García.​ La segunda vuelta, realizada el 4 de junio de 2006, en medio de un ambiente de incertidumbre por el futuro de la democracia, dio por triunfador a García, con el 52.6 % de los votos, mientras que Humala quedó con 47.3 % de los mismos.

El segundo gobierno de Alan García Pérez se caracterizó por su marcado interés en favorecer la inversión extranjera, por el deseo de acelerar la integración del Perú con los grandes mercados mundiales y de alentar al empresariado a inyectar sus capitales en el país. En definitiva, siguió los lineamientos de la política económica trazada desde 1990 (es decir tras el fin de su primer gobierno). Entre otros acuerdos, logró finiquitar el TLC con los Estados Unidos, y acuerdos similares con China, Tailandia, Chile, Canadá, Corea del Sur y México. De otro lado, la inflación llegó a su nivel más bajo en décadas (2 %), contrastando así con el primer gobierno de García que había concluido con la mayor hiperinflación de la historia republicana. Las reservas internacionales llegaron también a un récord histórico y se mantuvo el crecimiento sostenido del país. Gracias a un adecuado manejo de la economía, el Perú pudo superar sin mayores sobresaltos la recesión mundial que golpeó a los principales compradores: Estados Unidos, China, etc.

Otro hecho importante fue la demanda presentada por el Estado Peruano ante la Corte Internacional de Justicia de La Haya para solucionar la Controversia de delimitación marítima entre Chile y el Perú sobre la soberanía de una zona marítima de aproximadamente 37 900 km² en el océano Pacífico. El 16 de enero del 2009, el embajador peruano Allan Wagner Tizón, entregó en la sede de la Corte la demanda y el 13 de marzo presentó la memoria que sustentaba la posición peruana; mientras que Chile presentó su contramemoria el 9 de marzo del 2010. La réplica peruana se dio el 9 de noviembre del 2010 y la dúplica chilena el 11 de julio el 2011. La Corte, luego de analizar las posiciones de los dos países, dio su fallo el 27 de enero de 2014, ya bajo el gobierno de Ollanta Humala. Por este fallo el Perú recobró 50 000 km² de mar.

No obstante, el gobierno de García debió soportar, al igual que el anterior de Toledo, de protestas sociales en diversas localidades, siendo el episodio más sombrío la llamada masacre de Bagua, el 5 de junio del 2009, donde, un enfrentamiento entre los nativos y las fuerzas del orden ocasionó la muerte de decenas de personas, entre ellos 24 policías.​ Otro aspecto negativo fue el llamado escándalo Petrogate, que consistió en la difusión de audios entre funcionarios del gobierno negociando la entrega de lotes petroleros a una empresa extranjera. Ello provocó una crisis ministerial.

En las elecciones generales del 2011, se presentó por segunda vez como candidato a la presidencia el ex comandante Ollanta Humala Tasso, por la alianza electoral Gana Perú, a la que se sumaron diversos partidos de izquierda. También postularon Keiko Fujimori, hija del expresidente Alberto Fujimori, por Fuerza 2011; y Pedro Pablo Kuczynski, economista y candidato liberal, por la Alianza por el Gran Cambio. En la primera vuelta, realizada el 10 de abril, Humala obtuvo la más alta votación (31,69 %), aunque sin llegar al 50 % más uno de los votos requeridos por la Constitución. En segundo lugar quedó Keiko Fujimori, que superó con un margen de 5 puntos a Kuczynski.

Ollanta y Keiko pasaron así a la segunda vuelta, lo que alarmó a un sector de la ciudadanía, ya que ambos aparentemente se identificaban con autoritarismo antidemocrático: el fujimorismo, en el caso de Keiko, y el modelo chavista de Venezuela, en el caso de Humala, considerado antidemocráticos para algunos sectores conservadores de la política peruana. Sin embargo, Humala se esforzó en demostrar sus distanciamiento del chavismo, modificando su plan de gobierno original y jurando un "compromiso en defensa de la democracia" ante la presencia de varios destacados intelectuales, profesionales y artistas peruanos, quienes le brindaron su apoyo. Finalmente, en las elecciones de segunda vuelta realizadas el 5 de junio del 2011, Humala resultó triunfador con el 51,45 %, con un margen de 3 % de ventaja sobre su competidora Keiko.

El inicio del gobierno de Ollanta Humala generó expectativa no solo en el Perú, sino a nivel internacional, pues se creyó que acabaría con el predominio de la derecha neoliberal en su país y que se aliaría con los gobiernos de izquierda del continente.​ Ni lo uno ni lo otro se cumplió. 

La llamada «Gran Transformación» que anunciaba en su programa de gobierno original, que implicaba un cambio del modelo económico, no se aplicó, lo que llevó a que varios de sus congresistas abandonaran su partido, acusándolo de traición. De 47 congresistas que conformaban su bancada, se quedó con 31 al final de su gobierno. Además, tuvo 7 gabinetes ministeriales.​ 

El quinquenio (2011-2016) se caracterizó por el protagonismo de la esposa del presidente, Nadine Heredia, a tal punto que se habló de una posible usurpación de funciones. En las postrimerías del gobierno, Heredia, se vio involucrada en el caso de las agendas, empezando a ser investigada por lavado de activos.

El primer y más grave conflicto social que tuvo que enfrentar Humala fue el originado por la oposición de la población al proyecto Conga de la minera Yanacocha (Cajamarca), que dejó varios muertos y obligó a la suspensión de operaciones. Algo similar ocurrió con el proyecto Tía María (Moquegua). En total, fueron más de 200 conflictos sociales los que tuvo que enfrentar el gobierno. También se incrementó la inseguridad ciudadana y recrudeció la delincuencia.

Entre los logros del gobierno de Humala está la asignación del PBI para el sector de Educación del 2.4 % al 4 %, la creación del programa Beca 18, que benefició a más de 60.000 jóvenes; el impulso a la aprobación de la nueva Ley Universitaria;​ la promulgación de la Ley de Servicio Civil basada en la meritocracia del empleado público.​ Se creó el Ministerio de Desarrollo e Inclusión Social del Perú, se impulsó grandes programas sociales como Pensión 65, Qali Warma, Cuna Más.​ 

Se subió el sueldo mínimo de S/ 650 a S/ 850. La inversión en grandes obras públicas también fue muy importante: destacan el inicio de la construcción del Aeropuerto Internacional de Chinchero, la carretera longitudinal de la Sierra Tramo 2, la Línea 2 del Metro de Lima, la modernización de la refinería de Talara,​ la inauguración del proyecto de irrigación Olmos, el incremento de la infraestructura vial (más de 19.000 km), etc.

Si bien Humala recibió un país creciendo a tasas de 6 % anual, durante este periodo solo se creció en un promedio de 2.8 % anual, lo que se atribuyó a factores coyunturales externos. La pobreza disminuyó en dos puntos porcentuales.

En las elecciones generales de 2016, se presentaron 19 candidatos, siendo los principales Keiko Fujimori, por Fuerza Popular (FP); Pedro Pablo Kuczynski, por Peruanos Por el Kambio (PPK); César Acuña, por Alianza para el Progreso; Verónica Mendoza por Frente Amplio; Alfredo Barnechea por Acción Popular; así como los expresidentes Toledo y García. Fue Keiko Fujimori la candidata que desde el comienzo mostró en las encuestas una mayor preferencia en intención de voto, superior al 30 %, mientras que, más abajo, se disputaban el segundo lugar Kuczynski y Acuña. Pero empezó a alzar vuelo la candidatura de un hasta entonces desconocido Julio Guzmán, de Todos por el Perú, que escaló hasta el segundo lugar, con el 20 % de intención de voto. 

Sin embargo, Guzmán fue retirado de la competencia por las autoridades electorales por no cumplir una serie de requisitos en la inscripción de su partido. También fue retirado Acuña, por violar el estatuto que prohibía dar dádivas a los electores. Ello permitió que PPK remontara al segundo lugar. Realizada las elecciones el 10 de abril de 2016, Fujimori obtuvo el 39 %, mientras que PPK logró el 21 % de votos. 

La disputa electoral quedó así reducida entre Fujimori y Kuczynski, en medio de una reñida contienda en la que proliferaron los mutuos agravios; realizado el balotaje o segunda vuelta electoral (5 de junio de 2016), Kuczynski resultó ganador por un ajustado margen, de más de 40.000 votos, apenas 2 décimas en el porcentaje total.

El 28 de julio de 2016 Pedro Pablo Kuczynski juró como Presidente de la República, en la tradicional ceremonia de toma de mando realizada en el Congreso de la República. En el parlamento, el fujimorismo se hizo de 73 escaños de un total de 130, con lo que se alzó con la mayoría absoluta, frente al partido de gobierno, que solo obtuvo 18 representantes, 

Desde el principio, las relaciones entre el Legislativo y el Ejecutivo fueron tensas, y el 15 de septiembre de 2016 el Congreso le negó el voto de confianza al entonces presidente del Consejo de Ministros Fernando Zavala, con lo que Kuczynski tuvo que nombrar a un nuevo gabinete.​ Este incluyó cinco nuevos ministros, y fue presidido por la segunda vicepresidenta y hasta entonces congresista Mercedes Aráoz Fernández.​ Su gobierno ha estado asimismo marcado por el caso Odebrecht.​ El propio Kuczynski fue objeto de un pedido de vacancia en el Congreso por sus conflictos de interés con esa empresa, que en un primer intento no prosperó.

Poco después, indultó al expresidente Alberto Fujimori, quien purgaba una pena de 25 años por crímenes contra los derechos humanos.La decisión desencadenó protestas masivas en Lima y otras ocho ciudades​ así como la renuncia de tres de sus ministros y las críticas de un amplio espectro de personalidades.

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Todo ello derivó en una crisis política nacional, que finalmente desembocó en un segundo proceso de vacancia presidencial, promovida por la izquierda y apoyada por los fujimoristas de Fuerza Popular. Pero unos días antes de debatirse en el Congreso el pedido de vacancia, los fujimoristas revelaron unos videos y audios donde se mostraba que operadores del gobierno, incluyendo un ministro de Estado, negociaban con un congresista de Fuerza Popular para comprar su voto en contra de la vacancia, a cambio de obras para su región.​ Al día siguiente, el presidente envió su carta de renuncia al Congreso , que fue aceptada el 23 de marzo de 2018. Ese mismo día juramentó como nuevo presidente el ingeniero Martín Vizcarra, por estar en la línea de sucesión al ser el primer vicepresidente de la República.